जिला प्रशासन कानून व्यवस्था, विकास कार्य, राजस्व प्रबंधन तथा न्यायिक व्यवस्था के संचालन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। नीचे जिले की प्रशासनिक संरचना का विस्तृत विवरण दिया गया है।
जिला का सर्वोच्च प्रशासनिक अधिकारी जिला मजिस्ट्रेट (आईएएस) होता है। डीएम कानून एवं व्यवस्था, विकास परियोजनाएँ, राजस्व प्रशासन तथा आपदा प्रबंधन की निगरानी करते हैं।
जिले की सुरक्षा व्यवस्था का नेतृत्व पुलिस अधीक्षक (SP) करते हैं। लखीमपुर खीरी जिला लखनऊ पुलिस ज़ोन एवं लखनऊ पुलिस रेंज के अंतर्गत आता है। जिले में कुल 23 पुलिस थाने कार्यरत हैं।
जिले में 15 विकास खंड (ब्लॉक) ग्रामीण विकास कार्यों के संचालन हेतु कार्यरत हैं।
जिले में 4 नगर पालिका परिषद (लखीमपुर, गोला, मोहम्मदी, पलिया) तथा 8 नगर पंचायतें शहरी क्षेत्रों के प्रबंधन हेतु कार्यरत हैं।
जिले में लगभग 1,167 ग्राम पंचायतें ग्रामीण प्रशासन एवं विकास कार्यों के संचालन हेतु कार्य करती हैं।
जिले में कुल 1,795 राजस्व ग्राम हैं, जिनका प्रबंधन तहसील स्तर के अधिकारियों (तहसीलदार एवं लेखपाल) द्वारा किया जाता है।
जिले का मुख्य न्यायिक केंद्र जिला एवं सत्र न्यायालय, लखीमपुर है। इसके अतिरिक्त मोहम्मदी में उप-मंडलीय / सिविल न्यायालय स्थित है।
वर्तमान में श्री शिव कुमार सिंह जिले के जिला न्यायाधीश हैं।